Bellissimo esempio di macchia a ginepro i cui esemplari arborei sono stati definiti tra i più belli d'Italia ed inseriti negli habitat prioritari della CEE.
La costa è inoltre connotata dalla presenza di numerosi promontori, isolotti e scogli, tra i quali riveste particolare importanza l'Isola grande, detta anche dei conigli, (così chiamata perchè negli anni cinquanta fu avviato, e successivamente abbandonato, un allevamento di conigli allo stato selvatico), oggi parco naturalistico di straordinario interesse biologico per la presenza di 200 specie vegetali.
Su uno scoglio, denominato 'Su Mujusu' per il fondale marino fangoso (dialettalmente il fango è detto 'moja'), è stata riscontrata la presenza di un tipo di iris definita 'revoluta nova specie', dal fiore viola scuro e dal profumo pungente, che cresce solo su questo scoglio in tutta Italia.
Ma la grande ricchezza di Porto Cesareo è rappresentata dal suo mare, tanto prezioso che per la sua tutela è stato istituito un Parco Marino Nazionale.
Nell'area protetta, compresa tra Punta Prosciutto (limite di confine con la provincia di Taranto) e Torre Inserraglio, si trova la cosiddetta 'prateria sommersa' di Fanerogame, una rarità biologica che merita di essere difesa e che offre ossigeno, rifugio e nutrimento a numerosi organismi marini.
A questa verde prateria, sviluppata sulla sabbia, si contrappone l'esuberanza delle forme del coralligeno, che predilige i fondali rocciosi.
Le immersioni nel Parco offrono scenari meravigliosi, abitati da crostacei, molluschi, pesci variopinti e da affascinanti tartarughe.

